Die Namen der Komture lesen sich wie die des vermeintlich populären Adels fürs „Goldene Blatt“: Wolfgang von Maßmünster, Ferdinand von Muckenthal zu Hochsenacker, Kechler von Schwandorf , Philipp Lösch von Müllheim, Dietrich Rollmann von Dattenberg oder Baili von Flachslanden, dem letzten in dieser Amtsherrschaft.
Sie alle waren Verwalter und Amtsträger sowohl für ihren Ritter-Orden der Johanniter wie auch prägend für das soziale Leben in Villingen. Zum einen als streitbare und engagierte Herren im Sinne ihres Ordens und auch als jene, die vielfach den bürgerlichen Geist des Städtchens wachrüttelten.
Ein Johanniterhaus Villingen wurde von Graf Heinrich I. von Fürstenberg am 2. September 1253 als „ritterliches Haus“ gestiftet, worauf vier Jahre später 1257 die Bürgerschaft die neue Einrichtung von allen Lasten und Dienstbarkeiten sowie von jeglicher Wehr- und Schutzpflicht befreite und bei Rechtssachen vor ihrem Stadtgericht immer bevorzugt behandeln wollte und sollte.
Materiell und sozial betrachtet war man sich mit dem Fürstlichen Stadtherren jedoch uneins. Der verfügte nämlich, dass jedermann bei den Johannitern eintreten und diesen seinen Besitz übereignen könne, womit er wohl versuchte, über ein reiches Johanniterhaus seinen Einfluss in Villingen zu festigen, was die Stadt-Bürger aber eher anders wollten.
Von der Villinger Johanniterkommende an der Ringmauer blieb mit markantem Charakter nur der ehrwürdigste Teil erhalten, die Johanniterkirche, mit massivem Turm und dessen Helm in der Spätgotik. Beachtlich das reiche Maßwerk an der Ostwand des Chores und das Portal der Kirche.
Einst erhielt das Gotteshaus drei Altäre, die dem Johannes, dem Täufer, der Gottesmutter und dem Heiligen Kreuz geweiht waren. Auf die „schonende Barockisierung“ des Kirchenraumes 1711 kamen an der Gerbergasse kleinere Häuser für Pfarrer, Kapläne und den Mesner sowie ein Waschhaus hinzu.
Vom Bicken-Tor südlich entstanden das Amtshaus der Kommende-Verwalter und das Ritterhaus. Zum weiteren Besitz und Eigentum zählte auch die alte Schaffnei an der Gerberstraße, später Wirtschaft Russischer Bock, Reichsapfel, Stiftskeller und Discothek Scotch-Club.
Zum ursprünglichen Konvent mit einem Prior an der Spitze zählte einst die Gründerfamilie der Fürstenberger, der lokale Hochadel, Vertreter der Ministerialen und „wohlgeborene“ Söhne der Villinger Oberschicht.
Überraschend, dass ab 1378 dann auch Ordensschwestern, „frouwen ze sant Johan“ dazu zählten, was in deutschen Kommenden selten war.
Eine enge Verbindungen zur Stadtbevölkerung war über ältere Villinger Bürger gegeben, die als spätere Pfründner ins Johanniterhaus aufgenommen wurden und ab 1464 über die gestiftete Johanniter-Bruderschaft, die über die Bäcker-, Müller- und Schuhmacher-Bruderschaft materiell gesichert wurde.
Unter den tüchtigen und einflussreichen Komturen, ernannt durch den Ordensmeister und begünstigt vom Wohlwollen des regionalen und lokalen Adels und der Villinger Bürgerschaft, konnte im 14. Jahrhundert die Territorial-Hoheit über Dürrheim (1300), Weigheim (1315), Obereschach (1390) und Neuhausen (1427) erworben werden.
Hinzu kamen ab 1430 eine Bad-Stube und der leistungslose Anspruch an ein Viertel des Korn-Zehnten in der Stadt sowie die Rechte an drei Mühlen.
Bedeutend wurde auch das Asylrecht der Johanniter nach päpstlichen und kaiserlichen Privilegien, wonach weder eine kirchliche noch eine weltliche Macht des Reiches „gegenüber den Johanniterhäusern und deren Güter irgendwelche Gerechtsame ausüben sollte“ (entsprach dem Recht, mit dem man etwas tat, besaß oder nutzte).
Villinger Bürgern drohte 1398 das Stadtrecht mit einer Strafe von 5 Pfund Heller und einem Jahr Stadtverbot, falls sie das Asyl bei den Johannitern begehrten, was Romäus Mans, den Rebellen, 1497 nach seiner Flucht aus dem Michaelsturm nicht davon abhielt, bei den Ordensrittern Zuflucht zu suchen.
Das Ende aller Rechte der Johanniter kam, als 1805 französische Truppen die Johanniterkommende Villingen besetzten, worauf die gesamte verbliebene Einrichtung unter württembergische Souveränität gestellt wurde.
Nach dem Übergang Villingens an das Großherzogtum Baden kam 1806 war das Ende für den Orden eingeläutet. Das Ritterhaus wurde 1811 abgebrochen, es entstand das Großherzogliche Bezirksamt, das 1957 zum Landratsamt wurde.
In der Johanniterkirche fand 1807 letztmals katholischer Gottesdienst statt, denn man machte aus dem Kirchengebäude 1814 ein Militärmagazin und 1822 ein Gefängnis.
Das Inventar wurde versteigert, doch der Abriss des Turms, was 1841 geschehen sollte, scheiterte an der Villingern Widerspruch.
Das Pfarr- und das Kaplanei-Haus, das seit 1815 dem badischen Staat gehörte, wurde 1859 samt Mesner-Haus an die evangelische Kirchengemeinde Villingen verkauft.
1924 wurde die Kirche umgebaut und während mehrerer Jahre bis 1990 restauriert.
Entdeckt wurden dabei einige Epitaphien von Villinger Komturen, zu denen das prachtvolle Terrakotta-Relief zählt, das der Villinger Künstler Hans Kraut für den Grabstein von Komtur Wolfgang von Maßmünster 1574 schuf. Es zeigt die Seeschlacht von Rhodos im Jahre 1522, die sich heute im Franziskanermuseum befindet Das Chorgestühl aus der Johanniterkirche schmückt wohl seit über 100 Jahren in der Benediktinerkirche.